La EEMAC funciona como una Unidad Ejecutora descentralizada administrativa y presupuestalmente.

Los docentes responden académicamente a su Departamento, pero además tienen dependencia directa del Director de la Estación.
Este último es la principal figura jerárquica y depende directamente del Decano de la Facultad.

El órgano de dirección es la Comisión Directiva, que está integrada por el Director, que la preside, delegados docentes, estudiantes y egresados.
Esta directiva a su vez delega funciones en Comisiones Asesoras que también están integradas por delegados de los órdenes (Enseñanza, Investigación, Extensión).
De la dirección depende también la Jefatura de Operaciones, que controla y dirige las diferentes secciones en las que se organizan los funcionarios no docentes de la Estación.

Los funcionarios docentes se organizaban en los siguientes Departamentos:

Departamento de Producción Animal y Pasturas
Departamento de Producción Vegetal
Departamento de Protección Vegetal
Departamento de Ciencias Sociales
Departamento Biometria, Estadistica y Computación