Se inaugura en 1911 como Escuela de Práctica  y Campo Experimental de Agronomía en la órbita del Estado. Durante este período estuvo abocada a la enseñanza técnica (Escuela de Capataces) e investigación fundamentalmente en producción agrícola, ganadera y lechera.

                                                                                       

Años más tarde comienza a funcionar como dependencia de la Facultad de Agronomía de la Universidad de la República, modificándose los planes de estudio. En ese momento se establece el curso de Perito Rural.

                                                                                                                                              

El 18 de julio de 1963 se inaugura la Estación Experimental de Paysandú, transformándose en un centro de enseñanza agrícola superior y de investigación científica y aplicada, buscando además ser un enclave de la Facultad inserto en la realidad rural.

                                                                                       

La fundación de la Estación Experimental (denominada luego “Dr. Mario A. Cassinoni”, en homenaje al Rector que impulsó su creación), se ubica en el marco de la formulación del Plan de Estudios 1963. Ese plan puso énfasis en la elevación del nivel científico y técnico de la carrera, promoviendo la formación de docentes e investigadores al más alto nivel y estableciendo los cometidos de la Estación, que continúan vigentes hasta hoy:

1. Desarrollar la carrera agronómica como una profesión científica, cuya enseñanza y evolución estén basadas en la investigación agrícola.

2. Establecer que las tareas de enseñanza superior e investigación científica constituyen una unidad inseparable, que debe ser ejercida simultáneamente.

3. Formar los cuadros docentes de la Facultad de Agronomía dando oportunidad a los jóvenes para ingresar a los equipos de trabajo y facilitar la realización de cursos de posgrado en centros de alto nivel técnico.

4. Crear un sistema de enseñanza activa con participación directa de los estudiantes en los trabajos prácticos y en los programas de investigación.

5. Introducir el concepto de trabajo en equipo, donde investigadores de diferentes disciplinas colaboran en la solución de los problemas planteados.

6. Contribuir al conocimiento de los problemas del medio rural, de manera de desarrollar programas de investigación que contribuyan a su solución.

7. Posibilitar el cumplimiento de uno de los fines básicos de la Universidad como institución educativa, desarrollando actividades de extensión en la zona de influencia de la Estación Experimental.